Chuyến đi cuối cùng của con tàu là để sơ tán dân thường, thủy thủ tàu Kriegsmarine và lính Đức từ Gotenhafen đến Kiel [3] Quân số thủy thủ trên tàu cộng thêm danh sách hành khách ghi là 6.050 người trên tàu, nhưng nhiều thường dân đã không được ghi lại chính thức tại danh sách này của tàu. Trong những năm 1980 và 1990 Heinz Schön, người thực hiện nghiên cứu kỹ lưỡng vụ đánh chìm này, đã kết luận rằng: Tàu Wilhelm Gustloff đã mang theo: 173 người của lực lượng vũ trang hải quân phụ, 918 nhân viên của Sư đoàn Đào tạo tàu ngầm số 2 (2 Unterseeboot-. Lehrdivision), 373 phụ nữ làm trợ lý cho hải quân, 162 thương binh và 8.956 dân thường, với tổng số 10.582 hành khách và toàn bộ thủy thủ của con tàu [3] Mặc dù con tàu đã được thiết kế chở cho 1.465 hành khách, nhưng thực tế nó có khả năng mang nhiều hơn nữa trong những chuyến hải trình ngắn, vì tàu có nhiều không gian chung, nhưng nó lại chỉ có ít hơn 50% các thiết bị cứu hộ cần thiết cho lượng hành khách bổ sung này. [cần dẫn nguồn]

Con tàu rời Gotenhafen đầu vào ngày 30 tháng 1 năm 1945, và được tàu khách Hansa hộ tống (tàu Hansa này cũng đầy thường dân và nhân viên quân sự) và hai tàu ngư lôi khác. Tàu Hansa và một tàu phóng ngư lôi gặp trục trặc về cơ khí và không thể tiếp tục đi tiếp, nên để Tàu Wilhelm Gustloff tiếp tục hành trình chỉ với một tàu ngư lôi Lowe hộ tống[5]. Chiếc tàu có bốn thuyền trưởng (ba dân sự và quân sự một) trên tàu, và họ không thể đồng ý phương án tốt nhất để hành động bảo vệ tàu chống lại tấn công từ tàu ngầm. Chống lại những lời khuyên của người chỉ huy quân sự, Thiếu tá Wilhelm Zahn, một sĩ quan tàu ngầm, đưa ra phương án đi theo vùng nước nông gần bờ và không bật đèn chiếu sáng, nhưng Đại úy Friedrich Petersen, quyết định đi theo vùng nước sâu. Khi ông được thông báo bằng radio rằng có một đoàn tàu hộ tống phá mìn của Đức đang tới, ông quyết định bật đèn lái tàu sang màu đỏ và xanh lá cây để tránh một vụ va chạm trong bóng tối, nhưng lại làm cho Tàu Wilhelm Gustloff dễ dàng bị phát hiện trong đêm. Vì tàu có trang bị cả vũ khí phòng không, hơn nữa nó đã bị đổi sang màu đen, nên nó không được coi như là một con tàu bệnh viện nữa, và nó lại có vận chuyển binh lính, do đó nó không được bất kỳ sự bảo vệ theo hiệp định quốc tế đối với một con tàu bệnh viện[6].